Історія Центру розпочалася 23 червня 1994 року, коли Указом Президента було створено Управління «А» у складі Центрального Управління СБУ та відповідні підрозділи в регіонах. У липні 1996 року воно було реорганізовано в Управління боротьби з тероризмом, захисту учасників кримінального судочинства та працівників правоохоронних органів СБ України.

А з 27 грудня 2005 року діє Центр спеціальних операцій по боротьбі з тероризмом, захисту учасників кримінального судочинства та працівників правоохоронних органів.

Сьогодні начальником Центру є полковник Сергій Дусик, який раніше очолював відділ ЦСО "А" в Дніпропетровській області.

Бажаю успіхів, але при цьому наголошую – у Вас тепер дуже відповідальна посада. Адже Ви повинні завжди бути напоготові, аби захистити країну в будь-який момент.

На переконання Голови СБУ, дуже важливо, щоб він підтримував у колективі атмосферу поваги, взаємодії й патріотизму. Також керівник ЦСО «А» повинен своєчасно реагувати на потреби особового складу, аби співробітники Центру могли максимально сконцентруватися на виконанні своїх завдань. 

Основні завдання Центру «А»:

• припинення терористичних актів
• протидія незаконним збройним формуванням, терористичним організаціям, розвідувально-диверсійним групам іноземних держав
• забезпечення проведення співробітниками СБУ оперативно-розшукових, контррозвідувальних заходів, процесуальних дій
• участь у здійсненні охорони органів державної влади та посадових осіб, а також забезпечення безпеки працівників СБУ, органів системи УДО та їх близьких родичів
• сприяння в межах компетенції СБУ забезпеченню режиму воєнного та надзвичайного стану в разі їх оголошення

«Життя – Батьківщині! Честь ‒ нікому!» – такий девіз Центру спеціальних операцій «А». Він набув особливого змісту, коли у квітні 2014 року бійці спецпідрозділу разом з усією Службою прощалися з першим побратимом, загиблим у бойовому зіткненні з агресором на Донбасі.

З того часу бійці Центру затримали сотні озброєних проросійських терористів та учасників диверсійних груп. Вони першими дають відсіч незаконним збройним формуванням. На жаль, у списку загиблих Героїв з Центру «А» немало прізвищ…

• капітан Геннадій Біліченко
• полковник Олександр Аніщенко
• майор Руслан Лужевський
• підполковник Ігор Горбенко
• капітан Олександр Петрищук
• старший прапорщик Марк Шпак
• полковник Андрій Кузьменко
• підполковник Андрій Долгов
• полковник Руслан Муляр
• прапорщик Юрій Журавльов 
• полковник Дмитро Каплунов 
• полковник Денис Волочаєв 

У районі проведення ООС співробітники ЦСО «А» виконують покладені на них завдання. Окрім припинення терактів і дій, які загрожують національній безпеці, бійці припиняють діяльність незаконних збройних формувань, захоплюють особливо небезпечних злочинців, звільняють заручників, захищають учасників судових процесів. Зокрема, такий захист може знадобитися суддям або свідкам у гучних кримінальних провадженнях.

Бійці Центру мають надзвичайно високий рівень підготовки:

• тактико-спеціальної
• вогневої
• спеціальної інженерної
• повітрянодесантної
• водолазної
• спеціальної альпіністської
• військово-медичної
• автомобільної

Підрозділи Центру є в кожному регіоні, і особливо посилені вони в районах проведення Операції об’єднаних сил на сході України.

Відбір новобранців на службу в Центр достатньо жорсткий – відбувається на закритому полігоні і триває кілька тижнів. Зрештою проходять відбір у підрозділ один із 10-15 кандидатів.

Центр «А» підтримує тісні контакти з волонтерськими та громадськими організаціями. У 2014 році, на початковому етапі російської агресії, саме вони допомагали з сучасним оснащенням підрозділу. 

Зокрема, це проєкти «Повертайся живим», «PatriotDefence», «Сестри перемоги», Миколаївський обласний благодійний фонд «Регіональний фонд благочестя», Народний тил, ПАТ «Укрзалізниця», благодійний фонд «Мир і Ко».